Istniejący do dziś budynek wzniesiony został w XVI wieku w stylu renesansowym na reliktach wcześniejszej średniowiecznej budowli.
Z zawieruchy drugiej wojny światowej budynek wyszedł na szczęście bez szwanku. Jego nowym właścicielem stało się po wojnie Miejskie Przedsiębiorstwo Komunalne i Mieszkaniowe. Na początku lat sześćdziesiątych ubiegłego stulecia miały miejsce prace adaptacyjne przystosowujące budynek szpitala do celów mieszkalnych. Przebudowy te zakłóciły niestety pierwotne rozmieszczenie pomieszczeń i doprowadziły do przeciążenia szczytów i ścian, co skutkowało ich wybrzuszeniem i zniszczeniem. Ponadto pożar spowodował zawalenie się części szczytu południowego. Ze względów bezpieczeństwa w 1989 roku wykwaterowano ostatnich mieszkańców. Wtedy budynek wystawiono na sprzedaż. Kupił go prywatny przedsiębiorca z Gdańska z przeznaczeniem na mały hotelik. Jednak plany te nie zostały zrealizowane, a budynek ulegał coraz większej dewastacji. W pewnym momencie na jego murach pojawił się złowieszczy napis: „Budynek do rozbiórki”. Ten fakt stał się impulsem do rozpoczęcia międzynarodowej akcji odbudowy obiektu.
W 2003 roku dawny mieszkaniec Malborka Edwin Eggert wraz z Klausem Hemprichem i Hansem Kalteneckerem powołał w Niemczech stowarzyszenie Förderverein Jerusalem-Hospital des Deutschen Ordens in Marienburg (Malbork) e. V. (Stowarzyszenie Wspierania Szpitala Jerozolimskiego). Jego głównym zadaniem było uratowanie tego zabytku architektonicznego.
Więcej w bieżącym numerze Gazety Malborskiej